Mustafa Kemal, Askerî Rüştiyeyi bitirirken idadî (lise) eğitimine İstanbul’da Kuleli Askerî Lisesinde devam etmek istemiştir. Fakat, vatansever bir kurmay subay olan Hasan Bey, onu bu kararından vazgeçirmiştir. Hasan Bey, birçok defa Rüştiyeye mümeyyiz olarak gelen ve sınavlarda Mustafa Kemal’i tanıyıp seven bir komutanı idi. Hasan Bey, o günlerde bir münasebetle genç öğrencisine, lise eğitimine nerede devam edeceğini sormuş ve niyetinin İstanbul’a gitmek olduğunu anlayınca da şu tavsiyede bulunmuştur: “Bundan vazgeçiniz oğlum. Manastır'a gidiniz, orada daha iyi yetişirsiniz.” Mustafa Kemal, Hasan Bey'in bu tavsiyesini dinleyerek Manastır Askerî İdadîsine gitmiştir.
1896 yılı Mart ayının ortalarına kadar Selanik’te tatilini geçiren Mustafa Kemal, tatil bitiminde Selanik’ten trenle Manastır’a yolcu edilmiştir. İdadîde yatılı ve daha üstün dereceli bir okulun hayat ve öğretim şartlarına kısa sürede intibak eden genç Mustafa Kemal için artık ömrünün sonuna kadar sürecek olan aile yuvası dışındaki hayat başlamıştır. Bundan sonra ev yaşantısı sadece izin ve tatillerde kısa süreli olabilecektir. Askerlik mesleğinin meşakkatli ve zorlu özelliklerinden de kaynaklanan bu durum, biraz da onun “bağımsız yaşama” karakterine uygun düşmüştür.
Manastır Askerî İdadîsindeki sınıf arkadaşları arasında Üsküp, İşkodra, Yanya ve Manastır Askerî Rüştiyelerinden gelen öğrenciler bulunmaktadır. Bu ortam içinde çeşitli karakter, mizaç ve seviyede genç insanlarla tanışmak, anlaşmak ve onlara kendini kabul ettirmek hususunda Mustafa Kemal’in üstün vasıflarının burada da büyük bir rol oynadığı şüphesizdir.
Manastır Askerî İdadîsinde Mustafa Kemal, matematikte çok başarılı olmuş, Fransızca da ise istediği seviyeye gelememiştir. Kendi hatıralarında bunu şöyle anlatmıştır: “Askerî Rüştiyeyi ikmal ettiğim zaman, merakım epeyce ileri gitmişti. Manastır Askerî İdadîsinde riyaziye (matematik) pek kolay geldi. Bununla meşgul olmaya devam ettim. Fakat Fransızcada geri idim. Muallim benimle çok meşgul olmuyor, acı ihtarlarda bulunuyordu.”
Burada Mustafa Kemal’i en çok etkileyen arkadaşlarından biri olan Ömer Naci, ona edebiyat ve şiir merakı aşılamıştır. Sonradan İttihat ve Terakki Partisinin hatibi olacak olan ve genç yaşta Birinci Dünya Harbi sırasında hayatını kaybeden Ömer Naci, Bursa Askerî İdadîsinden kovularak, Manastır İdadîsine yollanmıştı. Mustafa Kemal hatıralarında şunları anlatmıştır: “O zamana kadar edebiyatla çok temasım yoktu. Merhum Ömer Naci, Bursa İdadîsinden kovulmuş, bizim sınıfa gelmişti. Daha o zaman şairdi. Benden okuyacak kitap istedi. Bütün kitaplarımı gösterdim. Hiçbirini beğenmedi. Bir arkadaşın, kitaplarımdan hiçbirini beğenmemesi gücüme gitti. Onun ilgilendiği konunun şiir ve edebiyat olduğuna o zaman muttali oldum. Onunla çalışmaya başladım. Şiir bana cazip göründü. Fakat kitabet hocası diye yeni gelen bir zat beni şiirle iştigalden men etti. ‘Bu tarz iştigal seni askerlikten uzaklaştırır.’ dedi. Ne var ki güzel yazmak hevesi ben de baki kaldı.” Bu ikazı yapan Kitabet Öğretmeni Alay Emini Mehmet Asım Efendi'dir. Aynı olayı Mustafa Kemal, daha sonraları Ali Fuat Paşa'ya şöyle anlatır: “Eğer kitabet hocamız imdadıma yetişmeseydi, ben de şair olup çıkacaktım. Çünkü hevesim vardı. Asım Efendi bir gün beni çağırdı: ‘Bak oğlum Mustafa dedi, şiiri filan bırak. Bu iş senin iyi asker olmana mani olur. Diğer hocalarınla da konuştum. Onlar da benim gibi düşünüyorlar. Sen Naci’ye bakma, o hayalperest bir çocuk. İleride belki iyi bir şair ve hatip olabilir fakat askerlik mesleğinde katiyen yükselemez.’ Hocamın ne kadar haklı olduğunu hadiseler ispat etti. Çok arzu ettiği hâlde Naci, Erkânıharp (kurmay) zabiti olamadı.”
Bu ikaz ve yönlendirmenin ATATÜRK’ün hayatını ve kaderini doğrudan etkilediğine şüphe yoktur. Fakat, Ömer Naci’nin de Mustafa Kemal’in fikri alt yapısının oluşmasında diğer faktörlerle birlikte önemli bir rol oynadığı da kesindir. Nitekim, genç Mustafa Kemal’in dönemin vatan ve hürriyet şairi Namık Kemal ile Türkçü şairi Mehmet Emin Yurdakul’un şiirleri ile tanışmasında Ömer Naci’nin etkili olduğu bilinmektedir. İdadîde, Namık Kemal’i tanımak, duymak, onun gizlice elden ele dolaşan vatan şiirlerini bulmak, okumak işini Hatip Ömer Naci sağlamıştır. ATATÜRK, sonradan 14 Eylül 1931’de yaptığı bir konuşmada Mehmet Emin Yurdakul ile ilgili şunları söylemiştir: “...Şair Mehmet Emin Yurdakul’un ilk kez Manastır Askerî İdadîsinde öğrenciyken okuduğum ‘Ben bir Türk’üm, dinim, cinsim uludur.’ dizeleriyle başlayan manzumesinde bana ulusal benliğimin gururunu tattıran ilk anlatımı bulmuştum...”
Tarih öğretmeni Mehmet Tevfik (Bilge) Bey'in de etkisiyle, Fransız İhtilali'nin temel ilkelerinden biri olan hürriyet kavramı ile de burada tanışmıştır. Topçu Kolağası Mehmet Tevfik Bey, o dönemin tarihçilik anlayışından uzak, Türk tarihini bütün genişliği ve derinliği ile kavramış ve öğrencilerine dersini sevdirerek, esaslı tarih bilinci ve kültürü veren bir öğretmendi. Ali Fuat Cebesoy’un, “Değerli ve milliyetçi bir Türk subayıydı. Türk tarihini iyi biliyor ve öğrencilerine tarih zevkini veriyordu. ATATÜRK, Türk tarihini bütün genişliği ve derinliği ile kavramış bulunan hocasından daima saygı ile söz etmiştir. Bir gün bana ‘Tevfik Bey'e minnet borcum vardır. Bana yeni bir ufuk açtı.’ demiştir.” şeklinde tanıttığı Kolağası Mehmet Tevfik Bey (1865-1945) ATATÜRK’ün derin tarih bilgisi ve bilincinin oluşmasında önemli katkısı olmuştur.
Manastır İdadîsinin ikinci sınıfına geçen Mustafa Kemal, 1897 yılının ilk günlerinde sıla iznini geçirmek üzere trenle Selanik’e dönmüştür. Mart'ın ilk günlerine kadar devam edecek izinden faydalanarak Fransızcasını kuvvetlendirmeyi düşünmüş ve 1888’de kurulmuş olan Tophane semtindeki “College Des Freres De Salle”in (Frerler Okulu) özel kurlarına kaydını yaptırarak dersleri düzenli olarak takip etmiştir. Birinci sınıfta kendisini ikaz eden Fransızca öğretmeninin acı ihtarlarına yeniden muhatap olmak istememiştir. Kendi hatıralarında, “iki, üç ay gizlice Frerler Mektebinin hususi sınıfına devam ettim. Böylece mektep derslerine nispetle fazla derecede Fransızca öğrendim.” demiştir. Bu özel derslerde Mustafa Kemal’in öğretmenlerinden biri Frere Rodriquez (1849-1941)’dir. Öğretmeninin anlatımına göre, Mustafa Kemal gayet ciddi, zeki ve çalışkan, elinde daima kitap bulunan bir gençtir. Mustafa Kemal, subay olduktan sonra da zaman zaman kendisinden ders almaya gelmiştir. Mustafa Kemal, gerçekten İdadîden başlayarak gençlik yıllarında Fransızca öğrenmeye büyük önem vermiştir. O, “Bir kurmay subay, mutlaka yabancı dil bilmelidir, bunun aksini düşünmek büyük hatadır.” demiştir.
Manastır Askerî İdadîsinde Mustafa Kemal’in ilk seneye ait öğrencilik hayatı hakkında resmî bir belgeye sahip değiliz. Fakat 1897 Aralık ayında ikinci sınıftan üçüncü sınıfa geçerken yalnız, kitabet ve Fransızcadan 45 üzerinden birer not eksiği ile 44 aldığını ve 52 mevcutlu sınıfı üçüncü olarak bitirdiğini biliyoruz. Bu seneki durumunu Mustafa Kemal sonradan şöyle anlatmıştır: “İdadide iken muannidane (inatla) bir surette çalışıyordum. Sınıfta birinci, ikinci olmak için hepimizde şiddetli bir gayret vardı.”
Bu çalışmanın ve başarılı bir askerî lise eğitiminin ardından Mustafa Kemal, Aralık 1898’in ilk yarısında son bulan sınavların sonucunda her dersten tam not (45 ve 20) alarak 54 mevcutlu üçüncü sınıfı ikinci olarak bitirip diplomasını almıştır. Aslında not defteri incelendiğinde görülmektedir ki sınıfın iki birincisi vardır. Listede birinci gösterilen Selanikli Ahmet Tevfik Efendi ile ikinci sırada yer alan Mustafa Kemal’in notları aynıdır. Her ikisi de “beher dersin tam numarası” olan 420 toplam not ile mezun olmuşlardır.